远红外加热的频率比微波加热的频率更高，照理加热效率要更好，但其实不然，这里面还存在一个穿透能力的概念。远红外加热虽有许多优点，灭菌设备那么样，应用也比较广泛，但从对物体的穿透能力看，远红外就远不如微波。
什么叫穿透能力呢？穿透能力就是电磁波穿透到介质内部的本领，电磁波从表面进入介质并在其内部传播时，由于能量不断被吸收并能转化为热能，它所携带热量就随着深入介质表面的距离以指数形式衰减。
电磁波的穿透深度和波长是同一数量级，除了较大的物体外，一般可以做到表里一起加热。而远红外加热的波长很短，加热时穿透能力差，在远红外线照射下，灭菌设备，只有物体一薄层发热，而热量要到内部主要靠传导，这样不仅加热时间长，而且容易造成加热不均匀。根据对比，微波加热的穿透能力比远红外加热强的多。
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微波对牛奶中蛋白质含量影响不大，对酱油中氨基酸也无破坏分解作用，而且适当的微波处理还能提高大豆蛋白质的营养价值。相对于传统的烘烤方法，微波烤面包也可提高其蛋白质的营养价值。
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