在进行企业ISO9001认证的过程中，ISO9001质量认证流程，审核员应参照ISO9001标准1.2条款和ISO/TC176/SC2/N524文件。在作出结论前，审核员应获得客观证据来表明受审核方不能删减某条具体要求。
由于受审核方所使用的术语有别于审核员使用的术语，所以审核员应该按ISO9000：2000标准来理解ISO9001：2000中的概念，理解或列出受审核方和审核员使用术语和概念之间的对应关系，ISO9001质量认证体系，避免使用质量管理的行话。
在实施时尽可能在日程安排活动中进行验证，注意可能需增加额外评审时间。然而，认证机构申请认可有时限时，也可能进行必要附加评审。
办理ISO9001认证，是需要专业的内审员进行审核的。
一阶段审核主要是为认证审核（第二阶段审核）进行范围界定和策划，并使审核员对组织有一个了解。例如，ISO9001质量认证，让审核员增进对组织QMS、方针、目标、风险、过程、场所等方面的知识。同时，它也可用于审核机构就其需求和期望与受审核方进行沟通。
在预备性的一阶段审核中，实施的活动包括：
1.识别业务的主要风险、相关的法律法规及符合性；
2.评估受审核方所确定的过程是否充分满足其目标和顾客的要求；
3.获取内部审核和管理评审已得到有效策划或实施的证据；
4.核查QMS已得到实施并且已经可以接受第二阶段审核，包括适当层次的文件和支持性记录。
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