在药品流通的运输周转环节，主要问题表现为温度控制失灵、药品发生变质。温再兴分析，从制药企业到药品批发企业主要是航空、铁路或公路运输。一般是制药企业直接委托给承运商进行运输配送，药品批发公司配送到医疗机构、零售药店主要是公路运输。尤其值得注意的是在这些运输配送过程中，均没有严格的温度控制，质量管控处于空白地带。药品特别是需要冷链的针剂、生物制剂、疫苗等，在流转中温度失控主要存在于中间的各个药品运输环节与末端（包括医疗机构）的储藏环节。某一环节温度失控，就会造成药品质量的变化，带来用药隐患。
“如果药品保存条件不达标，不仅会影响疗效、使保质期变短，北辰仓储物流，而且会增加过敏等不良反应风险。”温再兴表示，来自某省药品不良反应监测中心的数据显示，近年来该省的不良反应人数每年都超过1万例。来自卫生部的统计数据表明，全国每年有250万人因药品不良反应住院，北辰仓储物流，其中19万人死亡。另外，北辰仓储物流价格，全国因药品变质引发的死亡事件也时有发生。
在中成药生产的前端流通环节，主要问题则表现为中药材物流落后和假药材泛滥。调查发现，长期以来我国中药材种植主要以农户为主体，北辰仓储物流费用，中药材流通以专业市场为主渠道，个体商户及中小企业是专业市场的经营主体，中药材流通基本处于“小、散、差”的状态，与我国工业消费品物流现状比较要落后20年，与粮食、棉花、烟草、水果、蔬菜等其它农产品物流现状比较也要落后10年。分散加工表现的马路曝晒、硫磺熏蒸，染色增重、制假售假突出问题，已成为行业的普遍现象。在包装方面的突出问题，表现在无规范、无包装、滥包装、无标示。分散仓储的突出问题，则表现为民房储存、掺杂使假，不能实现全程追溯。
事实上，作为一项系统工程，物流效率和服务水平的高低不是取决于整个系统最强的部分，而是取决于最薄弱的环节。
单一技术环节的高要求、高投入并不能显著改善整个物流系统的表现。从战略投资者、商业合作伙伴或者是下游的客户的角度来说，更注重的是整个物流系统的可靠性、完整性和物流整体服务水平的高低，而不是物流设备、技术的先进程度。
中国的医药物流要由传统的粗放型向现代化的信息型转变，存在着政策法规、业态流程、经营模式、观念、软件开发和人员这几大障碍，这几个主要的问题不解决，设备和技术再先进也无用武之地。
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